Martin Pajaczkowski (ur. 23 listopada 1997 r.) jest polskim piłkarzem.
Pajączkowski rozpoczął karierę w SV Wienerfeld. W 2008 roku przeniósł się do SV Schwechat, a w 2015 roku dołączył do akademii FC Red Bull Salzburg. Został wypożyczony do SV Schwechat z FC Liefering na sezon 2016/17. Zadebiutował w lidze regionalnej w sierpniu 2016 roku, kiedy to rozpoczął mecz przeciwko amatorom SKN St. Pölten w pierwszym dniu meczowym tego sezonu. Swojego pierwszego gola w Regionalliga strzelił we wrześniu 2016 roku w przegranym 2:1 meczu z ASK Ebreichsdorf.
Na sezon 2017/18 został wypożyczony do Wiener Sport-Club. Rozegrał 28 meczów dla WSC w lidze regionalnej w tym sezonie, strzelając cztery gole.
Na sezon 2018/19 przeniósł się do Floridsdorfer AC. Zadebiutował w 2. lidze w lipcu 2018 roku, kiedy to rozpoczął mecz przeciwko SKU Amstetten w pierwszym dniu meczowym tego sezonu i został zastąpiony przez Adolphe'a Belema w 70. minucie.
W styczniu 2020 roku wrócił do Wiener Sport-Club, gdzie podpisał kontrakt do czerwca 2021 roku.